Внезапно выяснилось, что systemd не разрешает работать MySQL (который теперь mariadb) из директорий /root, /home из-за проблем с безопасностью. Проблема сопровождается ошибкой:
[Warning] Can't create test file /home/username/username_db/hostname.lower-test
Но мы понимаем, что если нельзя, но очень хочется, то нужно: исправить в Debian 8 и 9:
# Debian 8, Debian 9
# В файле /lib/systemd/system/mariadb.service
# меняем параметр ProtectHome=true на ProtectHome=false
nano /lib/systemd/system/mariadb.service
service mariadb restart
В ubuntu путь к этому файлу другой, требуется исправить /usr/lib/systemd/system/mariadb.service